1、糖尿病合并高血压：
杞菊地黄丸证病机之要在于肝肾阴虚，肝阳上亢。故治疗宜滋养肝肾为主以治其本。全方以六味地黄丸为组方基础。熟地黄甘柔补血且滋肾填精，而以泽泻分导肾与膀胱之邪浊相辅；山茱萸滋养肝、肾并固；而以牡丹皮凉泄肝火佐之；山药健脾益气有助运化，又以茯苓之淡渗脾湿协同。六药开合有度，三阴并治，故具滋肾壮水之功。枸杞子、菊花，一补一清，标本兼顾。枸杞子甘平质润，能补肾生精，养肝明目；菊花甘苦性凉，能收摄虚阳纳归于下，且长于清肝明目。八药相伍，收滋阴补肾，清肝明目之功。
现代药理研究表明，熟地含梓醇、地黄素、甘露醇、维生素A等物质，有强心、利尿、降血糖和升高外周白细胞，增强免疫功能等作用；枸杞含甜菜碱、多糖、粗脂肪、粗蛋白、核黄素及钙、磷、铁等元素，具有升高外周白细胞、增强免疫、促进造血及降血糖等作用；山药含薯蓣皂甙、胆碱、维生素、甘露聚糖等，具有滋补、脱敏、降血糖、止咳、化痰等作用；茯苓含茯苓聚糖、茯苓酸、胆碱等，具有利尿、镇静、降血糖、排电解质等作用；泽泻含有挥发油、生物碱、天门冬素树脂等，具有降压 、降血糖、抗脂肪肝等作用。
杞菊地黄丸辅助治疗糖尿病合并高血压，不仅能够提高血压和血糖的达标率，而且能够改善胰岛素抵抗，预防病情进展。
2、慢性肾盂肾炎：
杞菊地黄丸源于滋阴的代表方六味地黄丸，同时添加菊花、枸杞所成，更加注重对眼睛干涩、视物昏花等肾阴虚等症状的的治疗；方中主药熟地能补腻肾水，泽泻可宣泄肾浊，丹皮清泻肝火，山萸肉涩精固脱，茯苓渗脾利湿，山药收敛脾经，菊花清肝
明目，枸杞养肝滋肾，诸药共同作用，实现补肝肾，利湿浊，明目之功效，能够有效缓解肝肾阴虛型慢性肾孟肾炎患者的诸多症状。
临床研究发现，杞菊地黄丸中的熟地、山萸肉、枸杞等成分能显著增加患者血液内的IgA、IgG及IgM 含量，提高机体免疫力，改善肾脏功能；补肾阴，消除水肿，促进肾脏对尿素的排泄，同时修复肾小球滤过膜功能，提高肾小球滤过率，起到标本兼治的治疗效果。
杞菊地黄丸辅助治疗慢性肾小球肾炎，能改善肾功能，增强机体免疫力，减少复发率。
3、复发性口腔溃疡：
杞菊地黄丸方中主体为六味地黄丸，六味地黄丸非但治肝肾不足，实三阴并治之剂。有熟地之腻补肾水，即有泽泻之宣泄肾浊以济之。有萸肉之温涩肝经，即有丹皮之清泻肝火以佐之。有山药之收摄脾经，即有茯苓之淡渗脾湿以和之。药止六味，而大开大合，三阴并治。杞菊地黄丸方中熟地滋肾阴、益精髓是为君药。山茱萸酸温滋肾益肝，山药滋肾补脾，共成三阴并补以收补肾治本之功；枸杞子为滋补肝肾之良药，其滋肾、润肺、明目。菊花常与枸杞子同用以养肝明目。本方配伍的特点是“补中有泻”，即泽泻配熟地而泻肾降浊；丹皮配山茱萸以泻肝火；茯苓配山药而渗脾湿。此即“三泻”，或称“三开”，补泻并用，防止滋补之品产生滞腻之弊。诸药合用，共奏滋补肝肾之功。
杞菊地黄丸辅助治疗肝肾阴虚、水亏火旺、阴虚阳亢、虚火上炎所致的复发性口腔溃疡，不仅可以有效改善临床症状，而且能够调节人体的免疫功能，降低复发率。
4、糖尿病视网膜病变：
杞菊地黄丸为滋补肾阴之经典主方一六味地黄丸加枸杞、菊花而成，方中熟地黄滋养肾阴，山茱萸补肝肾，敛精气，山药健脾养肺、肾益化源，泽泻清泻肾火，可抑熟地黄之腻，牡丹皮泻肝肾虚火，茯苓去湿，枸杞、菊花益阴明目。所以对糖尿病患者来说长期服用杞菊地黄丸可使肝肾得养，精气得益，目明体壮。
现代药理研究证实，杞菊地黄丸之枸杞中重要成分为枸杞胍类租黄酮；菊花中含有丰富的维生素A；熟地黄中含有地黄梓醇及地黄苷D；山茱萸中含有茱萸乌苏酸、熊果酸、齐墩果酸；山药中含有山药多糖；泽泻中含有泽泻醇；茯苓中含有茯苓多糖及茯苓酸；牡丹皮中含有丹皮多糖。所以，虽然杞药地黄丸降血糖效果轻微，但它能有效阻断多元醇途径，减轻非酶糖基化，降低蛋白激酶C的作用，同时它还能有效抗自由基、营养及保护视网膜色素细胞，因此，长期服用杞菊地黄丸能使视网膜血管及视细胞功能恢复，从而让病变的的视网膜得到修复。
5、干眼症：
杞菊地黄丸具有滋补肝肾、滋水明目的作用，主治肝肾阴虚而致的眼睛干涩、视物模糊或两眼昏花等症状。方中熟地黄滋养肾阴，山茱萸、枸杞补肝肾，山药健脾养肺、肾益化源，泽泻清泻肾火，可抑熟地黄之腻，牡丹皮泻肝肾虚火，茯苓去湿，菊花清热明目。全方共奏清热养阴、生津润燥之功，从整体上调节机体阴阳，改善临床症状。
杞菊地黄丸辅助治疗干眼症，可以促进了泪液分泌，延长了泪膜破裂时间，修复泪膜功能，从而有效地缓解眼部不适症状。
