1908年11月14日，年仅38岁的光绪帝中毒离世。隔天，74岁的慈禧上午处理光绪后事，下午就一命呜呼。临终前，她说：我垂帘听政是迫不得已，以后不能再让女人干预国事！
光绪之死一直是清宫迷案之一，有人说他病入膏肓而亡，也有人说他被下毒至死。直到2008年，有关机构利用现代科技，检测了光绪的一缕头发，终于确认光绪帝是砒霜中毒而亡。
光绪死后，慈禧度过了漫长的一天，也是她生命的最后一天。这天深夜，她急招醇亲王载沣入宫，通知他赶紧让儿子溥仪入宫即位。之所以选择年仅3岁的溥仪，是因为溥仪血统纯正。他是道光帝的曾孙，光绪帝的亲侄子。同时，溥仪是荣禄的亲外孙，而荣禄和慈禧关系密切。
有了这些关系，溥仪即位也就不足为奇。3岁的溥仪一见到慈禧，就被她惨白、扭曲的老脸，吓得哇哇大哭。慈禧命内侍拿一糖果哄哄溥仪，可溥仪一把扔掉，哭着喊着要回家。这个举动惹怒了慈禧，她恶狠狠瞪了一眼溥仪，说道：赶紧把他抱走！
解决了继承人这个大问题后，慈禧开安排光绪的丧礼，这一夜虽然繁忙，但慈禧精神矍铄，实在想不到这是她人生最后一个夜晚。
第二天一早，慈禧依旧6点起床，和军机大臣们开会。整个上午，她以新皇帝名义下旨，尊隆裕皇后为太后，并安排了册封大典。同时，慈禧官宣了摄政王载沣就职。到了午膳时间，慈禧像往常一样享受着盛宴，可吃到一半，她突入昏倒在地。
慈禧醒来后，御医安慰道：老佛爷气色尚好，此次昏迷，皆因夏天的痢疾所致。只要稍加调养，就能康复。虽然太医说得好听，但已经74岁的慈禧自己清楚，长时间的痢疾已经让她元气大伤。
她自感大限将至，于是紧急召集隆裕皇后、摄政王等人，开始安排自己的后事。
她连下两道懿旨，其一是把国事的决策权交给溥仪的亲爹，摄政王载沣；其二，慈禧留了个心眼，规定遇到重大事情，需要请示隆裕太后。慈禧下诏后，又对众人说：我三次垂帘听政，不知情的人以为我贪恋权力，可事实上我是迫于形式，不得已呀！
这番场面话，明眼人都不会信。说完之后，慈禧缓缓闭上眼睛。众人以为他咽气了，可没多久，慈禧又意外清醒过来。弥留之际的慈禧说了最后一句话，让人大跌眼睛。她说：以后不准再让妇人干预国事！妇人干政与本朝家法有违，一定要严格限制。说罢，慈禧终于闭上了眼睛，再也没有醒过来。
这个称霸大清47年的女人，留下的遗言竟是女人不准再干预国事。这句话可以说相当霸道，只准自己享福，不准他人模仿。
慈禧去世后，宫女为她换上了刺有龙图案的长袍寿衣。接下来，清廷为她举办了豪华丧礼。慈禧的灵柩在皇宫停放了整整一年，才开始正式的葬礼。
出殡前2个月，宫人们烧掉了一只价值十几万两银子的“大法船”，法船是用绫罗绸缎扎成的。1909年11月9日上午7点，慈禧的棺木离开紫禁城。送葬队伍浩浩荡荡，64人组成的引幡队举着五彩缤纷的万民旗和万民伞。
抬灵车的人总共有84个，通过城门后，灵柩被转移到一个更大的棺木，换成120人抬。这个棺木不仅体积大，而且装饰精美，就像一座轿子，被称为“吉祥轿”。跟在棺木后的，还有数不清的皇亲国戚的车队。
就这样行进了十多里，路上没有任何障碍物，场面甚是壮观。四天后，送葬队伍终于到达东陵，到了吉时，棺木下葬。这场葬礼历时一年，耗费120万两白银。而光绪的葬礼只花了46万两白银。
慈禧对内强势，对外心虚，没有把大清往更好的方向。她死后的第三年，历经296年的清朝灭亡，换了人间。