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SARIFA在外部验证队列（TUM队列）中的状态和生存情况
在外部验证集中，患者的平均年龄为64.6岁（范围：28.3-90.0岁），中位随访时间为55.1个月（47.9-62.3个月）。在随访期间，共有48%的患者死亡。详细的临床病理特征见附表1。总体而言，187例（38%）被分类为SARIFA阳性，302例（62%）被分类为SARIFA阴性。
根据SARIFA状态分层，提供了TUM和TCGA-STAD队列的临床病理特征，详见附表S1和S2。
SARIFA在TCGA-STAD队列中的状态和生存情况
在TCGA-STAD队列中，患者的平均年龄为65.5岁（范围：30.0-90.0岁），中位随访时间为26.7个月（21.6-31.9个月）。在随访期间，共有81名（42%）患者死亡。总体上，88例（46%）被分类为SARIFA阳性，106例（54%）被分类为SARIFA阴性。详细的临床病理特征见附表S2。共有190名（98%）患者的总体生存数据可用。
接下来，作者使用TCGA-STAD队列的数据来研究具有SARIFA特征的肿瘤是否具有不同的基因组或转录组特性。为了检查SARIFA阳性或SARIFA阴性肿瘤中是否更常见某些基因组变异，从组织切片中得出的SARIFA分类被传递到cBioPortal。图3A中显示的基因组数据的肿瘤图表显示了TCGA-STAD队列中发现的最常见突变。尽管发现了大量的突变和拷贝数变异，但是没有一个变异显示出立即可辨别的与SARIFA组之一独特的模式。图3B显示了SARIFA和非SARIFA样本中每种基因变异的百分比，没有一个变异明显与SARIFA状态相关联。如图3C所示，包括常见突变的乘客基因（如TTN和MUC16）是最常见的变异，与SARIFA状态无关。
从TCGA下载并使用DESeq2分析了大量转录组数据。在将SARIFA状态与可用的基因表达数据匹配后，剩下162个样本，其中包括74个SARIFA样本和88个非SARIFA样本。图4A显示了比较SARIFA和非SARIFA样本的DESeq2分析结果；发现了22个基因表达差异。在SARIFA样本中过度表达的前四个基因（FABP4、TUSC5、ADIPOQ和PLIN5）与脂质运输和代谢有关。图4B展示了针对HALLMARK和REACTOME基因集的GSEA分析结果，其中HALLMARK基因集中富集了脂肪生成。在REACTOME基因集富集分析中，SARIFA样本中富集了白色脂肪细胞分化的转录调控，而与非SARIFA组相比，多个MAP激酶相关途径在SARIFA样本中显示出下调。
使用DSP技术，作者对基质和CD68 +细胞亚群进行了全转录组分析，在侵袭前沿（IF）中，作者发现在SARIFA阳性病例中与SARIFA阴性病例相比，有显著上调的基因（图5）。
SARIFA和细胞因子IL6、TNFα、IL10和IL12的表达
为了验证作者的假设，即基于前一项研究中差异巨噬细胞数量和差异细胞因子表达的SARIFA现象的潜在机制，作者进行了细胞因子表达的半定量分析，使用了RNAScope。白细胞介素6（IL6）、肿瘤坏死因子α（TNFα）和白细胞介素12（IL12）是强效免疫刺激因子，而白细胞介素10（IL10）则代表高度免疫抑制因子[19]。除了是癌症相关炎症的重要介质外，TNFα还参与细胞存活和凋亡等过程[19-21]。在SARIFA阳性肿瘤中，作者观察到在IF区域，IL6（p = 0.011）和TNFα（p = 0.002）的表达显著降低。此外，在SARIFA阳性病例中，与SARIFA阴性病例相比，肿瘤中心区域的TNFα表达也显著降低（p = 0.011）。在脂肪细胞和内皮细胞中，与SARIFA状态相关的IL6和TNFα表达没有差异。IL10和IL12在SARIFA阳性和SARIFA阴性病例的所有定位和细胞类型之间没有显著差异（图6A）。肿瘤中心或IF中的巨噬细胞数量没有显著差异（图6B）。
总结
SARIFA在晚期胃癌中被证明是一个强烈的负面预后生物标志物，暗示肿瘤细胞与促进肿瘤生长的脂肪细胞之间存在重要的肿瘤细胞代谢变化的相互作用。SARIFA不是由肿瘤基因驱动的，而很可能是由改变的免疫反应作为致病机制驱动的。
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