第1集
天津大沽县一家客栈中九人惨遭杀害，捕快王地保前去调查，通过唯一幸存者林安静提供的线索，王地保推断案犯来自棱西。他以此线索追凶，拦截了准备离开大沽的融天剑派一行。王地保势单力薄，被围攻受伤，但仍不懈追凶。他在追查途中，再次偶遇林安静，向其承诺一定会将凶犯缉拿归案。另一边，皇宫文渊阁中一张神秘藏宝图失踪，与流言谋反一事息息相关。存清探查皇室族谱推断出祺亲王或牵涉其中，派人紧盯。与此同时，存清下令释放因参与维新变法而入狱十二年的乾清门侍卫门三刀，任命门三刀调查此事，揪出散播谣言、盗取藏宝图的幕后谋反者。
第2集
存清告知门三刀，宫中丢失的藏宝图指向了明朝富商汪直留下的巨额财富，此宝藏被南少林秘密封藏，称作“净坛密藏”。大清多年来曾派出数名顶尖高手寻宝，但都以失败告终。门三刀推测反党寻宝定是为芒种起事作准备，顺线追查，便能捉住谋反主使。于是他从微处着手，梳理脉络，先是找出了里应外合偷盗宝图的宫女婉和与御膳房厨师老姜，查出老姜将藏宝图给了赌鬼陈五。接着顺藤摸瓜，找到了乱党为造势起事在贡院布置的火药装置埋藏地，顺势揪出存清身边的祺亲王内应—汗赫。
第3集
天津府内，门三刀通过被灭口的九人尸体推断，他们死前遭受鞭刑用毒等，再结合陈五死前供词，可知拿走当铺银票的接头人有奇特装扮，种种线索都指向了融天岭一派。门三刀心知融天岭掌门卓不凡武功高超，或是难缠的对手，因此立即交待直隶厅紧急戒备，全力追查融天岭。汗赫也在酷刑下吐露出文渊阁的藏宝图实为残卷，而这次盗窃出宫正是为了携其与海外人士谭先相会，获取更多宝藏信息。存清大怒，勒令门三刀即刻启程去往上海，全力以赴追缉藏宝图下落之外，务必将谭先等人擒获。
第4集
伪装成进步学生的融天岭弟子唐雨，因为接受了同盟会思想的洗礼，故向众弟子传达出了参与革命的意愿，同门们也对此热情高涨。雨夜，他们在大车店歇脚，未曾想门三刀携大内侍卫顺着蛛丝马迹找到了他们的所在地突袭。弟子们仓皇应战，唯一从慌乱中逃出的唐雨却又被追凶的王地保堵截，步入绝境，死在其刀下，门三刀疾步赶到，劝令王地保返回大沽县衙，不要再插手此案，却被坚定追凶的王地保反驳。门三刀认为其无可救药，不再多费口舌，遂离去。随后王地保从唐雨所携带的册子上找到了接头时间和地点——四月初一，上海北郊，门兴旅馆。
第5集
客栈内，格泰向门三刀讲述出净坛密藏的传承原委——康熙年间，朝廷为寻得净坛密藏围剿南少林，最后一任方丈圆寂前，把藏宝图交给了戒律院首座，但其后人却出于贪婪投靠了朝廷，宝图因此便收藏于文渊阁。两人据现有的线索抽丝剥茧，推测谭先兴许就是掌握密藏的南少林传人之一。姜恨救治了浑身伤痕的王地保，二人相互交流了一番关于理想的愿景，但王地保并没有听进去姜恨的话，谢过后，便继续踏上追凶之路。而此时上海法租界内，门三刀、融天岭、日本人等多方势力在麦琪路上盘踞，暗自进行部署，一时间肃杀之气暗涌危机四伏。
第6集
融天岭等人率先出手，对王地保群起而攻之，门三刀有惜才之心，下令内务府保下王地保，自己则出手对抗卓不凡。门三刀和卓不凡对战数十回合，难分高下，但也能看出二人彼此有点英雄惜英雄之意味。三方混战开始，柳琳见此混乱局面，决定带着谭先试图趁乱逃走，却被野上寒拦下，僵局难破。大批巡捕蜂拥而至，将几方团团围住，举枪威胁。门三刀只得眼见领头官员将谭先和柳琳带走，日本人和融天岭也趁乱逃离。
第7集
卓不凡看穿了谭先和柳琳的计划，遂令霍芩潜入酒店逼问出谭先的秘密，卓不凡则在街道上拦截门三刀，以拖延时间。酒店内，谭先抗住了霍芩用毒的威压，把密件焚毁后服毒自尽，霍岑仓促间瞥到了上面的只言片字。卓不凡眼看霍芩归来，不再恋战，带人离去，此时的门三刀顿悟赶到酒店内，却只看到了被焚烧成烬的信函和死去的谭先。门三刀以帮巡捕房探长出谋划策为交换，得到封锁搜查谭先房间一个晚上的便利。搜查中，门三刀先是通过送进来没有被动的餐盘，得知晚上即将有一通电话打来找谭先，这个人很有可能就是真正的接头人。于是门三刀晚上来到电话亭，接到一通原本是打给谭先的陌生电话，但对方极其警觉，故一无所获
第8集
乌兰珊邀门三刀前来一叙，并送给他一条吊坠，门三刀不由自主地忆起与格格在宫里初见时的情景，那时格格在宫中肆意的骑自行车，却无意间撞到门三刀，并且无意间扯断了门三刀的挂链，二人的缘分就此结下。门三刀按耐住悲戚的心情，有意提点乌兰珊下月离开京城。卓不凡和于焕杰得祺亲王召见，献上从文渊阁得到的藏宝图，并禀明补全宝图的秘密就在山西汾州府。为了摆脱内务府对寻宝的阻碍，卓不凡恳请祺亲王协助解决门三刀。
第9集
怀揣心事的于焕杰回来后受到卓不凡的训斥，愈加羞恼，但只能听从卓不凡的建议连夜赶路前往山西。王地保伤愈，门三刀出于欣赏，欲将其调入内务府，但遭到王地保言辞恳切的拒绝，他直言自己的目标只有一个，就是将大沽命案的凶犯缉拿归案。辞别后，王地保找到了尾随他至上海的林安静，他指出林安静种种行为的疑点，怀疑她是同盟会乱党。林安静却声泪俱下地哭诉自己的无奈与艰辛，引得王地保动摇恻隐之心。在王地保勉强相信时，林安静突然强吻王地保，恳求带她一起走，王地保慌乱中应下。而这一切，其实都是林安静的苦肉计，并旨在向暗藏在浴缸里的清伊信风表明自己的后续计划。王地保心知需靠门三刀才能探听到融天岭等人下落，二人正言语博弈时突遭钱七刺杀。一番恶斗，钱七就要败落之际，姜恨却突然出现把他救走，但此时钱七已回天乏术，逝于江边。王地保回到房内，偷偷听到隔壁门三刀等人在讨论接下来的案情走向。得知一行人即将出发去山西，王地保决定跟随一起前往。却没想到这其实是门三刀的“圈套”，意在借王地保敏锐的追捕能力，更快找到卓不凡，获得线索。
第10集
存清奉旨去上海赈灾，顺势与门三刀厘清当前局势，种种迹象表明，背后斡旋之人就是祺亲王，当务之急便是抓紧找到净坛密藏，助大清重振雄飞，于是门三刀带上格泰再次动身，赶往山西。赶路途中，卓不凡因关照到霍芩身体不适，决定留宿客栈。而这也给了王地保可乘之机，他通过调查融天岭曾光顾的饭店，很快便对他们落脚的地方有了头绪，林安静则在暗中策马紧跟。王地保孤身拦下融天岭众人，欲将其捉拿归案，但实力不敌，被卓不凡一招击倒，气若游丝。随后赶到的林安静和大内侍卫都认为王地保命之将尽而离开，林安静甚至在离开的时候，没有意思留恋，仿佛曾经二人经历的过往，都不值一提。